En 2003, la Oficina Nacional de Estadísticas reportó una tasa de alfabetización simple de 93,4% y una tasa de alfabetización funcional de 84,1%. Los valores son similares para hombres y mujeres. El gasto en educación es de alrededor del 2,5% del PIB. De acuerdo con el departamento de educación (DepEd), en 2010 había 44 846 escuelas primarias y 10 384 secundarias registradas, mientras que la Comisión de Educación Superior (CHED) enlistó 2180 instituciones de educación superior, 607 de las cuales eran públicas y 1573 privadas. Las clases comienzan en junio y terminan en marzo, pero en la mayoría de las universidades se sigue un calendario semestral, desde junio a octubre y de noviembre a marzo. Además de las anteriores, hay varias escuelas extranjeras con sus propios planes de estudio. La Ley de la República Nº 9155 brinda el marco legal para la educación básica en Filipinas, y define la educación primaria y secundaria como obligatorias y gratuitas.
Varias agencias del gobierno están involucradas con la educación. El Departamento de Educación abarca la educación primaria, secundaria e informal; la Autoridad de Educación Técnica y el Desarrollo de Habilidades (TESDA) administra la formación postsecundaria y el nivel medio de educación; y la Comisión de Educación Superior (CHED) supervisa las universidades y programas académicos de posgrado, además de regular las normas para la impartición de la educación superior. En 2004, las madrazas se incorporaron en 16 regiones de todo el país, principalmente en las áreas musulmanas en Mindanao, bajo los auspicios y el programa del Departamento de Educación. Las universidades públicas son entidades no sectoriales y se clasifican como Colegios y Universidades Estatales (CUE) y Colegios y Universidades Locales (CUL). Los CUE son financiados por el Gobierno Nacional, según lo determinado por el Congreso. La Universidad de Filipinas es la Universidad Nacional y la más grande e importante de Filipinas.
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